Odpověď:

To je záležitost překladu a opravdu Vám nedokážu říci, proč se překladatelé z latiny rozhodli právě pro tuto verzi. Nechci to nikterak hodnotit, ale mně osobně odpověď "I s tebou" připadá přirozenější a ne tak "šroubovaná" (když mluvíme s přáteli, nepoužíváme běžně osobní zájmena, těžko kdo znás bude oslovovat "jejich ducha"). Mám zato, že se překladatelé snažili pro překlad "et cum spiritu tuo" najít ekvivalent z běžné mluvy. Má to své výhody i nevýhody. Každopádně je to pro běžného člověka srozumitelnější a nevede to k paradoxnímu a úsměvnému rozdělení (duši to přeji, tělu však ne...).
Překlady budou vždy určitým kompromisem (určitě znáte ono rčení, které překlad přirovnává k ženě :-)). Někomu se víc líbí to, jinému zas ono...